Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca

I. Sažetak
Peptidi su posebne makromolekule tako da su njihove sekvence neobične po svojim hemijskim i fizičkim karakteristikama.Neke peptide je teško sintetizirati, dok je druge relativno lako sintetizirati, ali ih je teško pročistiti.Praktični problem je u tome što je većina peptida slabo rastvorljiva u vodenim rastvorima, tako da u našem prečišćavanju odgovarajući deo hidrofobnog peptida mora da se rastvori u nevodenim rastvaračima, stoga je verovatno da će ovi rastvarači ili puferi biti ozbiljno u suprotnosti sa upotrebom bioloških eksperimentalnih procedura, tako da je tehničarima strogo zabranjeno korištenje peptida u vlastite svrhe, tako da slijedi nekoliko aspekata dizajna peptida za istraživače.

Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca
Drugo, pravilan izbor sintetičkih teških peptida
1. Ukupna dužina niza reguliranih sekvenci
Lakše je dobiti peptide manje od 15 ostataka jer se veličina peptida povećava, a čistoća sirovog proizvoda smanjuje.Kako se ukupna dužina peptidnog lanca povećava preko 20 ostataka, precizna količina proizvoda je ključna briga.U mnogim eksperimentima, lako je dobiti neočekivane efekte spuštanjem broja ostataka ispod 20.
2. Smanjite broj hidrofobnih ostataka
Peptidi sa velikom dominacijom hidrofobnih ostataka, posebno u području 7-12 ostataka od C-terminusa, obično uzrokuju sintetičke poteškoće.Ovo se smatra neadekvatnom kombinacijom upravo zato što se u sintezi dobije B-preklopni list.“U takvim slučajevima, može biti korisno pretvoriti više od dva pozitivna i negativna ostatka, ili staviti Gly ili Pro u peptid kako bi se otključao sastav peptida.”
3. Smanjenje “teških” ostataka
“Postoji niz ostataka Cys, Met, Arg i Try koji se općenito ne sintetiziraju lako.”Ser će se obično koristiti kao neoksidativna alternativa Cys.
Shema dizajna i rješenje polipeptidnog peptidnog lanca

Treće, poboljšajte pravilan izbor rastvorljivih u vodi
1. Podesite N ili C kraj
U odnosu na kisele peptide (tj. negativno nabijene pri pH 7), acetilacija (N-terminus acetilacija, C kraj koji uvijek održava slobodnu karboksilnu grupu) se posebno preporučuje za povećanje negativnog naboja.Međutim, za bazične peptide (to jest, pozitivno nabijene pri pH 7), aminacija (slobodna amino grupa na N-kraju i aminacija na C-kraju) se posebno preporučuje za povećanje pozitivnog naboja.

2. Jako skratite ili produžite sekvencu

Neke od sekvenci sadrže veliki broj hidrofobnih aminokiselina, kao što su Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr i Ala, itd. Kada ovi hidrofobni ostaci prelaze 50%, obično ih nije lako rastvoriti.Može biti korisno produžiti sekvencu kako bi se dodatno povećali pozitivni i negativni pol peptida.Druga opcija je smanjenje veličine peptidnog lanca kako bi se povećali pozitivni i negativni polovi smanjenjem hidrofobnih ostataka.Što su jača pozitivna i negativna strana peptidnog lanca, veća je vjerovatnoća da će reagirati s vodom.
3. Stavite u vodu rastvorljiv ostatak
Za neke peptidne lance, kombinacija nekih pozitivnih i negativnih aminokiselina može poboljšati topljivost u vodi.Naša kompanija preporučuje da se N-terminus ili C-terminus kiselih peptida kombinuje sa Glu-Glu.Dat je N ili C kraj osnovnog peptida, a zatim Lys-Lys.Ako se napunjena grupa ne može postaviti, Ser-Gly-Ser se također može postaviti u N ili C terminus.Međutim, ovaj pristup ne funkcionira kada se strane peptidnog lanca ne mogu promijeniti.