Peptidi koji prodiru u ćeliju su mali peptidi koji lako mogu prodrijeti kroz ćelijsku membranu.Ova klasa molekula, posebno CPP sa funkcijama ciljanja, obećava efikasnu isporuku lijeka ciljnim stanicama.
Stoga istraživanja o njemu imaju određeni biomedicinski značaj.U ovoj studiji, CPP sa različitim transmembranskim aktivnostima proučavani su na nivou sekvence, pokušavajući da otkriju faktore koji utiču na transmembransku aktivnost CPP, razlike u sekvencama između CPP sa različitim aktivnostima i NonCPP, i uvedu metodu za analizu bioloških sekvenci.
CPP i NonCPP sekvence su dobijene iz baze podataka CPPsite i različite literature, a transmembranski peptidi (HCPP, MCPP, LCPP) sa visokom, srednjom i niskom transmembranskom aktivnošću ekstrahovani su iz CPP sekvenci za konstruisanje skupova podataka.Na osnovu ovih skupova podataka, sprovedene su sledeće studije:
1, Sastav aminokiselina i sekundarne strukture različitih aktivnih CPP i NonCPP analizirani su ANOVA-om.Utvrđeno je da elektrostatičke i hidrofobne interakcije aminokiselina igraju važnu ulogu u transmembranskoj aktivnosti CPP, a spiralna struktura i nasumično namotavanje također utječu na transmembransku aktivnost CPP.
2. Na dvodimenzionalnoj ravni su prikazane fizičke i hemijske osobine i dužine CPP-a sa različitim aktivnostima.Utvrđeno je da se CPP i NonCPPs sa različitim aktivnostima mogu grupirati pod nekim posebnim svojstvima, a HCPP, MCPPs, LCPPs i NonCPPs su podijeljeni u tri klastera, pokazujući njihove razlike;
3. U ovom radu se uvodi pojam fizičko-hemijskog centra biološke sekvence, a ostaci koji čine sekvencu posmatraju se kao tačke čestica, a sekvenca se apstrahuje kao sistem čestica za istraživanje.Ova metoda je primijenjena na analizu CPP-ova projektiranjem CPP-ova s različitim aktivnostima na 3D ravan PCA metodom, i utvrđeno je da se većina CPP-ova grupirala zajedno, a neki LCPP-ovi grupirani zajedno sa NonCPP-ovima.
Ova studija ima implikacije na dizajn CPP-a i razumijevanje razlika u sekvencama CPP-ova s različitim aktivnostima.Osim toga, metoda analize fizičko-hemijskog centra bioloških sekvenci uvedena u ovom radu može se koristiti i za analizu drugih bioloških problema.U isto vrijeme, oni se mogu koristiti kao ulazni parametri za neke probleme biološke klasifikacije i igrati ulogu u prepoznavanju obrazaca.
Vrijeme objave: Jun-15-2023