Koji su peptidi koji probijaju ćelije?

Peptidi koji prodorne ćelije su mali peptidi koji lako mogu prodrijeti u ćelijsku membranu. Ova klasa molekula, posebno CPP-a sa funkcijama ciljanja, održava obećanje za efikasnu dostavu lijekova u ciljane ćelije.

Stoga istraživanje o njemu ima određeni biomedicinski značaj. U ovoj studiji, CPP-ovi sa različitim transmimbranskim aktivnostima proučavaju se na nivou sekvenci, pokušavajući saznati faktore koji utječu na knedbranu aktivnost CPP-a, sekvencijske razlike između CPPS-a sa različitim aktivnostima i uvode metodu za analizu bioloških sekvenci.

CPPS i Noncpps sekvence dobili su iz baze podataka CPPSite i različitih literatura, te transmembranske peptide (HCPPS, MCPP, LCPP) sa visokim, srednjim i niskim knembranskim aktivnostima izvučeni su iz niskih sekvenci za konstrukciju skupa podataka. Na temelju ovih skupova podataka provedene su sljedeće studije:

1, ANOVA je analizirana aminokiselina i srednja struktura kompozicija različitih aktivnih CPP-a i NonCPP-a. Otkriveno je da su elektrostatičke i hidrofobne interakcije aminokiselina igrale važnu ulogu u prenosnom aktivnoj aktivnosti CPPS-a, a helikoptalna struktura i slučajna zavladavanje također su utjecali na prijemna aktivnost CPPS-a.

2. Fizička i hemijska svojstva i dužine CPP-a s različitim aktivnostima prikazani su na dvodimenzionalnom ravninu. Otkriveno je da CPPS i NOCPP s različitim aktivnostima mogu biti grupirani pod nekim posebnim svojstvima, a HCPPS, MCPPS, LCPPS i NonCPPS podijeljeni su u tri klastera, pokazujući njihove razlike;

3. U ovom radu se uvodi koncept fizičkog i hemijskog centroida biološkog slijeda, a ostaci koji sastavljaju redoslijed smatraju se česticama, a niz je apstraktan kao sustav čestica za istraživanje. Ova metoda je primijenjena na analizu CPP-a projektiranjem CPPS-a s različitim aktivnostima na 3D ravnini po PCA metodi, a otkriveno je da je većina CPP-a skupila zajedno s nekom LCPP-om zajedno s nekom Scord.

Ova studija ima implikacije na dizajn CPP-a i razumijevanje razlike u nizovima CPP-a s različitim aktivnostima. Pored toga, metoda analize fizičkog i hemijskog centroida bioloških sekvenci uvedenih u ovaj rad može se koristiti i za analizu drugih bioloških problema. Istovremeno se mogu koristiti kao ulazne parametre za neke probleme sa biološkim klasifikacijom i igraju ulogu u prepoznavanju uzoraka.