Vrste peptidnih biblioteka

Alaninska biblioteka za skeniranje
    Ala skenirajuća biblioteka peptida je metoda za identifikaciju efekata specifičnih aminokiselina u sekvenci na funkciju peptida. Mi sekvencijalno zamjenjujemo aminokiseline u nizu sa Ala; kroz Ala scanning peptidnu biblioteku, može se identifikovati uticaj specifičnih aminokiselina na ukupnu strukturu proteina, funkciju i druge biološke aktivnosti.

Biblioteka pozicionog skeniranja (PSL)
    Biblioteka peptida za poziciono skeniranje je važan alat za optimizaciju peptidnih sekvenci. Sistematski zamjenjuje druge aminokiseline za odabrane regije ili mjesta peptida i određuje optimalne aminokiseline na tim mjestima kroz testove aktivnosti peptida. Ova vrsta biblioteke peptida pomaže istraživačima da identifikuju specifične regije koje imaju posebne efekte ili aktivnosti na određenim pozicijama.

Preklapajuća biblioteka

Biblioteka peptida koja se preklapa je uobičajena metoda za skrining linearnih ili kontinuiranih epitopa. Dizajn biblioteke peptida uglavnom je određen sa dva parametra: dužinom peptida i brojem ofseta. Kako je protein skraćen od N-terminusa do C-kraja, moguće je da na kraju ostane peptid siroče. Da bi se održala dosljedna dužina, preporučujemo pomak jedne ili nekoliko aminokiselina s N-kraja.

Biblioteke peptida skraćenja

Biblioteke skraćenih peptida koriste se za identifikaciju najkraćih aminokiselinskih sekvenci unutar peptidne sekvence. Konstrukcija biblioteka skraćenih peptida obično uključuje sistematsko uklanjanje aminokiselina sa oba kraja originalne peptidne sekvence. Ako su poznate određene važne aminokiseline, te aminokiseline treba zadržati, a aminokiseline se zatim uklanjaju jedna po jedna s drugog kraja peptida kako bi se započelo skrining.

Random Peptide Library

Biblioteke nasumičnih peptida su dizajnirane putem shotgun pristupa da uključuju 20 prirodnih aminokiselina, dok istovremeno nasumično zamjenjuju odabrane aminokiselinske ostatke.

Scrambled Library

Dizajn kodiranih biblioteka zasniva se na unutrašnjim preuređenjima originalne sekvence aminokiselina peptida. To je biblioteka peptida sa najvišim stepenom mutacije. Poremećeni peptidi se često koriste kao negativne kontrole kako bi se pokazalo da su specifične sekvence kritične za funkciju ili aktivnost proteina. To je također nasumični alat za skrining koji se koristi za identifikaciju novih ciljeva.